Projekt zahrnoval modernizaci tratí o celkové délce 13 km, dále 27 výhybek včetně jejich elektrických ohřevů, jeden nový železniční most, dva nové silniční nadjezdy, výstavbu 3,5 km protihlukových stěn a zrušení dvou přejezdů. Hlavní těžiště prací se odehrálo ve výhybně Dluhonice, která je unikátní na české železniční síti. "Konfigurace kolejiště zajišťuje přechod vlaků od Prahy a Olomouce odbočným směrem na Ostravu nebo Vsetín, případně pokračování jízdy přímo do Přerova a dále do Břeclavi. Na všech zmodernizovaných úsecích je kompletně nový železniční svršek a spodek, trakční vedení a také sdělovací a zabezpečovací zařízení, silnoproudé rozvody včetně nového osvětlení. Dále se postavila nová budova, kde jsou umístěny veškeré technologie," uvádí generální ředitel Správy železnic Jiří Svoboda.

Dluhonická výhybna má celkem sedm dopravních kolejí, přičemž ve dvou hlavních je nově rychlost 120 km/h. Po navazujících traťových úsecích jezdí vlaky maximální možnou rychlostí 160 km/h. Kompletní obsluha výhybny a navazujících úseků je z Centrálního dispečerského pracoviště v Přerově. Zvýšení bezpečnosti provozu přineslo i zrušení dvou přejezdů v rámci dopravny, které nahradil nový most se souběžnou silnicí a lávkami pro pěší a cyklisty.

Trať z Břeclavi do Bohumína byla poslední na české železniční síti s levostranným provozem vlaků. Po přechodu na pravostranný provoz v závěru roku 2012 docházelo ve výhybně Dluhonice ke vzájemnému rušení vlaků jedoucích v přímém směru z Přerova do České Třebové s těmi, které využívaly Dluhonickou spojku. Dokončená druhá stavba vytvořila podmínky pro možnost mimoúrovňového křížení vlaků. Jeho vlastní technické řešení bude předmětem třetí etapy rekonstrukce přerovského uzlu. Výstavba přesmyku bude časově náročnější než vlastní rekonstrukce výhybny, neboť se jedná o složitější a časově náročnější územní řízení, výkupy pozemků, stavební řízení a budování násypového tělesa.

Celkové investiční náklady akce s názvem Rekonstrukce žst. Přerov, 2. stavba dosahují výše 3 761 995 000 Kč. Projekt je spolufinancovaný Evropskou unií z Nástroje pro propojení Evropy (CEF). Maximální výše dotace činí 81 495 621 eur. Národní financování zajišťuje Státní fond dopravní infrastruktury. Stavební práce realizovaly společnosti EUROVIA CS, Subterra, STRABAG Rail a GJW Praha.